Văn hoá Đại Việt thế kỷ 16 chia làm 2 bộ phận:

• Những tác giả theo nhà Mạc và bộ phận văn học này đóng vai trò chủ đạo[7].
• Những tác giả trung thành với nhà Lê, theo Lê chống Mạc hoặc chán thế sự và sống ẩn dật.

Có một bộ phận sĩ phu biểu hiện sự trăn trở giữa con đường theo phe nào trong cuộc nội chiến Lê Mạc, hoặc ẩn dật an nhàn. Những tác giả lớn thời kỳ này có Nguyễn Bỉnh Khiêm, Giáp Hải, Nguyễn Dữ, Dương Văn An. Tác phẩm "Bạch Vân thi tập" của Nguyễn Bỉnh Khiêm chính là tác phẩm chữ Hán quán xuyến từ đầu đến cuối tư tưởng an nhàn của nhà Nho trước vấn đề thời cuộc[8].

Trong giáo dục khoa cử, nhà Mạc cũng như nhà Hậu Lê, vẫn dùng Nho giáo làm tư tưởng chính thống trong việc thể chế hoá các chính sách cai trị và xây dựng bộ máy triều đình. Mặc dù chiến tranh xảy ra liên miên, Bắc triều vẫn duy trì việc thi cử đều đặn 3 năm một lần. Từ năm 1529 thời Mạc Thái Tổ đến năm 1592 thời Mạc Mậu Hợp, nhà Mạc đã tổ chức 22 khoa thi, lấy đỗ 485 tiến sĩ, trong đó có 13 trạng nguyên[9]. Thậm chí kỳ thi cuối cùng của nhà Mạc năm 1592 diễn ra bên bờ bắc sông Hồng trong hoàn cảnh Thăng Long bị quân Nam triều uy hiếp dữ dội.

Trong khi đó, nhà Lê từ khi trung hưng mãi tới năm 1554 mới mở Chế khoa (do các khoa thi từ năm 1580 về trước có ban học vị như định lệ nhưng chưa thi Đình nên gọi là Chế khoa). Từ thời Lê Thế Tông, việc thi cử mới bắt đầu đi vào quy củ và tới năm 1580 các kỳ thi Hội mới được khôi phục theo lệ 3 năm một lần. Từ năm 1554 tới năm 1592 nhà Lê chỉ có 7 kỳ thi, lấy đỗ 5 tiến sĩ[10].